Secara administratif desa Penggungharjo terdiri dari 14 Pedukuhan yang terbagi menjadi 118 RT yang mendiami wilayah seluas 560,966,5 Ha. Berikut disampaikan nama dan luas pedukuhan yang berada di desa Panggungharjo. Sebagai kawasan yang berbatasan langsung dengan kawasan perkotaan Yogyakarta, desa Panggungharjo merupakan kawasan aglomerasi perkotaan Yogyakarta yang ini juga berarti merupakan kawasan strategis ekonomi.Hal ini salah satunya ditunjukan dengan perkembangan penggunaan lahan dimana dalam kurun waktu lima tahun terakhir, pola penggunaan lahan didesa Panggungharjo mengalami perubahan cukup signifikan terutama pada lahan jenis tanah sawah yang mengalami perubahan fungsi menjadi pemukiman dan kegiatan bisnis dengan laju sekitar 2% per tahun.