Badan Lingkungan Hidup Daerah Istimewa Yoyakarta, memiliki tugas pokok dan fungsi yang sesuai dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 75 tahun 2015, tentang rincian tugas dan fungsi Badan Lingkungan Hidup, yaitu untuk melaksanakan penyusunan dan pelaksanaan kebijakan daerah di bidang lingkungan hidup.

Untuk melaksanakan tugas tersebut, Badan Lingkungan Hidup mempunyai fungsi untuk melakukan :

1. Penyusunan program di bidang lingkungan hidup
2. Perumusan kebijakan teknis di bidang lingkungan hidup
3. Pengendalian pencemaran dan kerusakan lingkungan, pemulihan kualitas lingkungan hidup, konservasi lingkungan
4. Pembinaan pengendalian lingkungan pada instansi Pemerintah, Pemerintah Daerah dan swasta di Daerah
5. Penyelenggaraan kajian dan penataan lingkungan
6. Pembinaan dan pengembangan laboratorium lingkungan hidup
7. Pemberian fasilitasi penyelenggaraan urusan lingkungan hidup Kabupaten/ Kota
8. Perumusan kebijakan konservasi kawasan budaya
9. Pemberdayaan sumberdaya dan mitra kerja di bidang lingkungan hidup
10. Penyelenggaraan kegiatan ketatausahaan
11. Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh gubernur sesuai dengan tugas dan fungsinya

Filosofi, visi dan misi yang dimiliki oleh Badan Lingkungan Hidup Daerah Istimewa Yogyakarata adalah "Hamemayu Hayuning Bawono", yaitu sebagai institusi yang handal dalam pengelolaan lingkungan hidup untuk mewujudkan masyarakat DIY berbudaya dan berwawasan lingkungan, meningkatkan profesionalisme, akuntabilitas dan kapasitas dalam pelaksanaan tugas pokok dan fungsi badan, meningkatan kualitas lingkungan hidup dan perlindungan sumber daya alam melalui sinergisitas lintas pemangku kepentingan serta mengembangan budaya kearifan lokal, menguatkan kapasitas, kepedulian dan partisipasi lintas pemangku kepentingan dalam perlindungan dan pengelolaan lingkungan hidup yang berkeadilan gender, dan memantapkan sarana prasarana dan akses informasi dalam perlindungan dan pengelolaan lingkungan hidup secara adil, merata dan berkualitas